Ющук Евгений Леонидович (yushchuk) wrote,
Ющук Евгений Леонидович
yushchuk

Categories:

Возвращение коронавируса: 2019-nCoV. От авторов статьи 2015 г. о химере коронавируса



Аннотация

Появление нового коронавируса (2019-нКоВ) пробудило отголоски SARS-CoV почти два десятилетия назад. Тем не менее, благодаря технологическим достижениям и важным урокам, извлеченным из предыдущих вспышек, возможно, мир лучше подготовлен для борьбы с самым новым возникающим коронавирусом группы 2В.
Ключевые слова: 2019-нКоВ ; роман CoV ; Ухань ; Уханьская пневмония ; коронавирус ; новые вирусы ; SARS-CoV ; МЕРС-коронавирус


1. Появление

Третий зоонозный человеческий коронавирус (CoV) века появился в декабре 2019 года, когда группа пациентов была связана с Южно-Китайским рынком морепродуктов Huanan в Ухане, провинция Хубэй, Китай. Подобно тяжелому острому респираторному синдрому коронавирусной (SARS-CoV) и ближневосточной респираторному синдрому коронавирусной (MERS-CoV) инфекции, у пациентов наблюдались симптомы вирусной пневмонии, включая лихорадку, затрудненное дыхание и двустороннюю инфильтрацию легкого в наиболее тяжелых случаях [ 1 ].

Новостные сообщения о пациентах с неизвестной пневмонией были впервые выявлены 31 декабря в городской комиссии здравоохранения Ухани, в которой говорилось, что они внимательно следят за ситуацией ( Рисунок 1).). 1 января 2020 года рынок морепродуктов был закрыт и дезактивирован, в то время как страны, связанные с туристическими связями с Уханом, были в состоянии повышенной готовности для потенциальных путешественников с необъяснимыми респираторными заболеваниями.

После обширных размышлений о возбудителе, Китайский центр по контролю и профилактике заболеваний (CDC) подтвердил сообщение Wall Street Journal и объявил об идентификации нового CoV 9 января [ 2 ]. Новый CoV (2019-нКоВ) был выделен от одного пациента и впоследствии верифицирован у 16 ​​дополнительных пациентов [ 3 ]. Хотя еще не подтверждено, что он индуцирует вирусную пневмонию, 2019-нКоВ был быстро предсказан в качестве вероятного возбудителя.
Первая последовательность 2019-nCoV была опубликована онлайн через день после ее подтверждения от имени доктора Йонг-Чжэнь Чжана и ученых из университета Фудань, Шанхай [ 4 ]. Впоследствии пять дополнительных последовательностей 2019-нКоВ были депонированы в базе данных GSAID 11 января из институтов по всему Китаю (CDC Китая, Института вирусологии Ухани и Китайской академии медицинских наук и Медицинского колледжа Пекинского союза), что позволило исследователям по всему миру начать анализ новый CoV [ 5 ]. К 17 января в Китае было подтверждено 62 случая заболевания, и, что важно, три экспортированных случая зараженных путешественников были диагностированы в Таиланде (2) и Японии (1) [ 6].].

Последовательности этих экспортированных случаев и нескольких дополнительных 2019 нКоВ, выделенных в Китае, также были помещены в базу данных GSAID [ 5 ]. Впоследствии были разработаны диагностические тесты, и некоторые из них используются для подозрительных случаев, выявленных в других местах, включая Вьетнам, Сингапур и Гонконг [ 7]. На сегодняшний день было зарегистрировано двадцать шесть летальных исходов, связанных с инфекцией 2019-нКоВ, во многих из этих случаев были значительные сопутствующие заболевания и они были старше по возрасту (> 50).

Наблюдается целый ряд заболеваний, отмеченных лихорадкой, сухим кашлем, одышкой и лейкопенией; пациенты включали легкие случаи, требующие поддерживающей терапии, в тяжелые случаи, требующие экстракорпоральной мембранной оксигенации; однако, по сравнению с SARS-CoV (10% смертность) и MERS-CoV (35% смертность), 2019-нКоВ, по-видимому, менее вирулентен на данный момент, за исключением пожилых людей и людей с сопутствующими заболеваниями.

Первоначальный мониторинг тесных контактов между пациентами не выявил дальнейших случаев 2019 нКоВ. Тем не менее, модельный анализ, основанный на официальных номерах случаев и международном распространении, показал, что могут быть случаи, оставшиеся незамеченными [ 8]. 19 января эти опасения были, по-видимому, подтверждены, так как дополнительные 136 случаев были добавлены в ходе дальнейших опросов, в результате чего общее количество пациентов в Ухане увеличилось до 198 инфицированных пациентов [ 9].]. Из 198 случаев в Ухане 170 остались в больницах, 126 в основном с легкими симптомами, 35 в тяжелом состоянии и 9 в критическом состоянии.

Расширенные цифры и расширенный диапазон дат начала (12 декабря 2019–18 января 2020 года) предполагают вероятную передачу от человека человеку или текущую передачу с рынка или из других первоисточников. 20 января вспышка была дополнительно распространена на другие части Китая (Пекин, Шанхай и Шэньчжэнь), а также на другие случаи экспорта в Южную Корею. По состоянию на 24 января общее число случаев возросло до не менее 870 общих случаев: 26 смертей в 25 провинциях Китая и 19 случаев экспорта в 10 странах [ 10].].

Органы общественного здравоохранения отправили из Уханя карантин, чтобы ограничить распространение вируса, и в сообщениях указывается, что другие китайские города также были изолированы [ 11 ]. В связи с тем, что в Азии проходит сезон тяжелых путешествий на лунный Новый год, существуют серьезные опасения, что вспышка 2019 года будет продолжаться и распространяться.


2. Происхождение 2019-nCoV

Источник 2019-нКоВ до сих пор неизвестен, хотя первоначальные случаи были связаны с Южно-Китайским рынком морепродуктов Хуанань. Хотя многие ранние пациенты работали на рынке или посещали его, ни один из экспортированных случаев не имел контакта с рынком, что предполагает либо передачу вируса от человека человеку, либо более широко распространенный источник животных [ 6 ].

В дополнение к морепродуктам в социальных сетях сообщается, что на Южно-Китайском рынке морепродуктов Хуанань были проданы змеи, птицы и другие мелкие млекопитающие, включая сурков и летучих мышей. ВОЗ сообщила, что образцы окружающей среды, взятые с рынка, дали положительный результат на новый коронавирус, но никакой конкретной ассоциации с животными выявлено не было [ 6]. Первоначальный отчет предполагал, что змеи могут быть возможным источником, основанным на использовании кодонов [ 12 ], но это утверждение было оспорено другими [ 13 ]. В настоящее время исследователи работают над выявлением источника 2019-нКоВ, включая возможные промежуточные переносчики животных.
Зоонозный резервуар возвращается к появлению как SARS-, так и MERS-CoV. SARS-CoV, первый высокопатогенный CoV человека, появился в 2002 году при передаче вируса от животных человеку на влажных рынках. Усилия по эпиднадзору выявили вирусную РНК SARS-CoV как у цив пальмы, так и у енотовидных собак, продаваемых на этих влажных рынках [ 14 ]; однако, SARS-CoV не был обнаружен в дикой природе, что позволяет предположить, что эти виды служат промежуточным резервуаром, поскольку вирус адаптирован для более эффективного заражения людей. Дальнейшие усилия по эпиднадзору позволили выявить высоко родственные CoV у видов летучих мышей [ 15 ].

Более поздние работы показали, что несколько летучих мышей летучих мышей способны инфицировать клетки человека без необходимости промежуточной адаптации [ 16 , 17]. Кроме того, серологические данные человека показывают распознавание белков CoV летучих мышей и указывают на то, что низкоуровневая зоонозная передача коронавирусов SARS-подобных летучих мышей происходит за пределами признанных вспышек [ 18 ]. MERS-CoV также является зоонозным вирусом с возможным происхождением у летучих мышей [ 19 , 20 ], хотя верблюды инфицированы эндемически, и о контакте с верблюдами часто сообщается в первичных случаях MERS-CoV [ 21].].

Для SARS-CoV строгий карантин и отбор живых рынков в Юго-Восточной Азии сыграли главную роль в прекращении вспышки. Учитывая культурную важность верблюдов, подобный подход к MERS-CoV не был возможен, и периодические вспышки продолжаются на Ближнем Востоке. Эти уроки, полученные от SARS и MERS, подчеркивают важность быстрого поиска источника 2019 нКоВ для предотвращения продолжающейся вспышки.


3. Чувствительное население

Из-за ограниченности данных о пациентах трудно сделать надежные заявления о группах населения, которые могут быть наиболее восприимчивыми к 2019-нКоВ. Тем не менее, тяжесть заболевания после SARS- и MERS-CoV строго соответствовала основным состояниям хозяина, включая возраст, биологический пол и общее состояние здоровья [ 22 ].

Ранние отчеты пациентов от 2019-нКоВ обнаруживают аналогичные тенденции. Тяжелая болезнь с 2019-нКоВ была связана с пожилыми пациентами (> 60 лет), в том числе двадцать шесть смертельных случаев. Эти данные соответствуют увеличению тяжести и смертности у людей старше 50 лет после инфекции SARS и MERS-CoV [ 23 , 24].

Точно так же основное здоровье пациента, вероятно, играет критическую роль в общей восприимчивости. Для 2019-нКоВ имеются ограниченные данные о сопутствующей патологии; тем не менее, у 26 пациентов, которые скончались от нового CoV, было значительное состояние здоровья, включая гипертонию, диабет, проблемы с сердцем и / или почками, которые могли сделать их более восприимчивыми.

Для вспышки MERS-CoV курение, гипертония, диабет, сердечно-сосудистые заболевания и / или другие хронические заболевания присутствовали в большинстве случаев смерти и соответствуют данным, полученным на животных моделях [ 25 ]. Результаты показывают, что этим уязвимым пациентам необходима бдительность после заражения 2019 нКоВ.


4. Выводы из последовательности 2019-nCoV

Быстрое секвенирование почти 30 000 нуклеотидного генома 2019-nCoV группой доктора Чжана в Университете Фудан и несколькими другими группами в Китае иллюстрирует преданность делу и возросший потенциал научной инфраструктуры в Китае [ 4 , 5 ].

Для SARS-CoV причинный агент был неизвестен в течение нескольких месяцев, и впоследствии потребовалось более четырех недель, пока не был выпущен полный геном [ 26 ].

Точно так же MERS-CoV был идентифицирован только после нескольких месяцев тестирования, а полный геном был доступен примерно через месяц [ 27]. Напротив, время от первой даты начала пациента (12 декабря 2019 г.) до сообщения о нескольких полноразмерных геномах 2019 нКоВ заняло менее одного месяца. В сочетании с огромным давлением продолжающейся вспышки неизвестного агента, усилия этих ученых следует считать не менее чем замечательными.
Исходя из последовательности, выравнивание нуклеотидов быстро отличало новый вирус от CoV группы 2B, в отличие от штаммов SARS-CoV [ 4 , 5 ].

Исследуя весь геном, 2019-нКоВ сохраняет ~ 80% идентичности нуклеотидов с исходными эпидемическими вирусами атипичной пневмонии. Его ближайшими родственниками по всему геному являются SARS-подобные CoVs у двух летучих мышей (ZC45 и ZXC21), которые имеют ~ 89% идентичности последовательности с 2019-nCoV; эти последовательности CoV были депонированы в начале 2018 года из провинции Чжэцзян у летучих мышей R. sinicus в Китае.

Сравнение между депонированными штаммами 2019-нКоВ обнаруживает> 99,5% сохранения; отсутствие разнообразия указывает на общую родословную и источник с появлением, которое вряд ли произошло так давно [ 28 , 29].
В последнем отчете впоследствии была идентифицирована последовательность CoV летучей мыши, RaTG3, с 92% идентичностью последовательности с новым вирусом, который указывает на происхождение летучих мышей для 2019-nCoV [ 30 ].
Затем мы перенесли анализ на белок нуклеокапсида (N), наиболее распространенный белок, вырабатываемый в CoVs. Как правило, N-белок хорошо сохраняется в семьях CoV, включая группу 2B [ 31 ]. N-белок для 2019-nCoV не является исключением с ~ 90% идентичностью аминокислот с N-белком SARS-CoV.

Будучи менее консервативными, чем другие CoV группы 2B, такие как HKU3-CoV и SHC014-CoV, антитела 2019-nCoV против N-белка, вероятно, также распознают и связывают N-белок SARS-CoV. N-антитела не обеспечивают иммунитет к инфекции 2019-nCoV, но перекрестная реактивность с N-белком SARS-CoV позволила бы провести анализ на основе сыворотки для определения воздействия нового CoV в бессимптомных случаях.

В то время как в предыдущих исследованиях была обнаружена сывороточная реактивность к N-белкам группы 2B в китайских популяциях [ 18], воздействие 2019 нКоВ должно значительно увеличить коэффициент разбавления, если произошло воздействие / инфекция. Важно, что эта информация может дать представление о вероятных и потенциальных путях распространения через бессимптомных носителей.
Исследуя далее, мы затем сравнили белки спайк, критический гликопротеин, ответственный за связывание и проникновение вируса. В целом, белок-шип 2019-nCoV имеет примерно 75% идентичность аминокислот с SARS-CoV, что менее консервативно, чем у других CoV группы 2B, включая HKU3-CoV [ 31 ].

Однако, сужая анализ до домена, связывающего спайк-рецептор (RBD) SARS-CoV (аминокислоты 318–518), RBD 2019-nCoV на 73% консервативен относительно эпидемического RBD. Этот уровень сохранения помещает RBD 2019-nCoV между HKU3-4 (сохранение 62,7%), вирусом летучей мыши, который не может использовать человеческий ACE2, и rSHC014 (80,8%), наиболее расходящимся всплеском CoV летучих мышей, который, как известно, использует человеческий ACE2 для входа [ 16 , 32 ].

Важно отметить, что ключевые остатки связывания для SARS-CoV были идентифицированы [ 33]; среди этих четырнадцати остатков, которые, по прогнозам, взаимодействуют напрямую с человеческим ACE2, рецептором SARS-CoV, восемь аминокислот сохраняются в 2019-нКоВ. Примечательно, что некоторые из этих остатков также консервативны относительно WIV1- и WIV16-CoV, двух штаммов летучих мышей, тесно связанных с SARS-CoV и, как известно, используют человеческий ACE2 [ 17 , 34 ].

Начальное структурное моделирование предполагает, что 2019-нКоВ может быть в состоянии использовать человеческий ACE2 в качестве рецептора, хотя его сродство может быть уменьшено по сравнению с эпидемическими штаммами SARS-CoV [ 35 ]. Последующее сообщение продемонстрировало, что рецептор-связывающий домен 2019-nCoV был способен связывать ACE2 в контексте спайкового белка SARS-CoV [ 36].

Кроме того, в других быстрых ссылках сообщается, что 2019-нКоВ использует рецепторы ACE2 человека, летучих мышей, циве и свиней [ 30 ].

Вместе данные моделирования, псевдотипирования и инфекции дают убедительные доказательства того, что ACE2 человека является рецептором 2019-нКоВ.


5. Достижение постулатов Коха

Традиционная идентификация микроба как возбудителя болезни требует выполнения постулатов Коха, модифицированных Риверсом для вирусных заболеваний [ 37].].

В настоящее время 2019-нКоВ был выделен от пациентов, обнаружен с помощью специфических анализов у ​​пациентов и культивирован в клетках-хозяевах (одна доступная последовательность идентифицирована как изолят пассажа), начиная выполнять эти критерии.

Учитывая недавнюю вспышку 2019-нКоВ, на данный момент не существует животной модели, которая соответствовала бы остальным критериям: 1) тестирование способности 2019-нКоВ вызывать респираторное заболевание у родственных видов, 2) повторная изоляция вируса от экспериментально зараженного животного и 3) выявление специфического иммунного ответа. Эти усилия, безусловно, станут областью интенсивных исследований в ближайшие месяцы как в Китае, так и в исследовательских лабораториях CoV по всему миру.
Примечательно, что создание небольших моделей животных с коронавирусной болезнью может быть затруднено. В то время как SARS-CoV легко заражает лабораторных мышей, это не вызывает значительных заболеваний, если вирус не пассивирован для адаптации к хозяину мыши [ 38 ].

Инфекция приматов вызывает более легкое заболевание, чем у людей, хотя были отмечены лихорадка и воспаление легких [ 39 , 40 ].

MERS-CoV не способен инфицировать клетки грызунов без инженерных изменений в критических остатках рецепторного белка, DPP4 [ 41 , 42 ]. Однако MERS-CoV заражает приматов, не являющихся людьми [ 43].

Как таковые, мышиные модели заболевания MERS требовали много времени для разработки и ограничены в типах манипуляций, которые могут быть выполнены [ 41 ]. В этот момент инфекционная способность 2019-нКоВ для разных видов и разных типов клеток неизвестна. Ранние сообщения предполагают, что вирус может использовать ACE2 человека, летучей мыши, свиней и циветты [ 30 ];

Примечательно, что группа обнаружила, что мышиный Ace2 не был разрешающим для инфекции 2019-nCoV. Распространение вирусных запасов и / или генерация вируса de novo с помощью систем обратной генетики позволят провести это исследование, позволяющее провести тестирование на животных и последующее завершение постулатов Коха для нового вируса.


6. Угроза распространения: человек-человек, работники здравоохранения и суперразбрасыватели

В то время как рынок морепродуктов Хуанань в Ухани был связан с большинством случаев, многие из недавних случаев не имеют прямой связи [ 9]. Этот факт указывает на наличие вторичного источника инфекции - либо от человека к человеку, либо, возможно, от заражения животных на другом рынке в Ухани.

Обе возможности представляют серьезную проблему и указывают на то, что вспышка может быстро расширяться. Для передачи от человека к человеку в начальном наборе случаев были ограниченные данные; один семейный кластер состоит из трех мужчин, которые все работают на рынке. Точно так же среди пациентов есть муж и жена, а жена не претендует на контакт с рынком.
В этих случаях возможна прямая инфекция от человека к человеку; альтернативно, зараженный фомит с рынка также может быть ответственным, так как было обнаружено, что поверхности по всему рынку имеют положительный результат 2019-нКоВ.

Тем не менее, значительное увеличение числа случаев, отсутствие прямой связи с рынком Ухань во многих случаях,и заражение работами здравоохранения все предполагают, что распространение от человека к человеку вероятно [9 , 44 ]. Важно отметить, что до тех пор, пока не будет найден источник вируса, будет трудно отличить распространение зоонозов от человека к человеку.
В начале вспышки отсутствие инфекции среди работников здравоохранения свидетельствовало о неэффективном распространении от человека к человеку и отличало 2019 нКоВ от SARS-CoV и MERS-CoV. Во время двух предыдущих эпидемий ХОЗ настройки здравоохранения служили главной точкой передачи, способствующей возникновению обеих вспышек.

По данным ВОЗ, 1 из 10 случаев MERS-CoV были признаны работниками здравоохранения; у этих пациентов, как правило, снижается заболеваемость и смертность, вероятно, из-за более молодого возраста и отсутствия существующих состояний здоровья. Недавние сообщения о многочисленных инфицированных работниках здравоохранения в Ухане указывают на то, что заражение человека к человеку может происходить при 2019 нКоВ и может быть продуктом супер распространяющегося пациента [ 44].

Однако, несмотря на то, что большие группы работников здравоохранения не заболевают, как это наблюдается при SARS и MERS-CoV, может быть слишком рано исключать их потенциальное воздействие нового CoV, поскольку их заболевание может протекать бессимптомно.

Хотя это не описано во время вспышки SARS-CoV, бессимптомные случаи варьировались от 12,5% до 25% в некоторых исследованиях MERS-CoV [ 45 ]. Подобное явление может происходить с 2019-нКоВ и будет еще более трудно остановить вспышку.
Другим параметром, который следует учитывать, является возможность суперраспространения в контексте 2019-нКоВ. Сверхраспространение - это усиленная передача вируса отдельными лицами в популяции, о чем свидетельствует хотя бы один новостной репортаж [ 44 ]. Вспышки как SARS-, так и MERS-CoV имели документально подтвержденные свидетельства сверхраспространения пациентов [ 46 ]. В целом, обе эпидемические CoVs поддерживают низкий R 0 , скорость распространения от отдельного инфицированного пациента.

Тем не менее, примерно 10% пациентов с SARS- и MERS-CoV были связаны со сверхраспространением и R 0> 10. В этих случаях распространена значительная часть эпидемии по всему миру. Примечательно, что ни мутации в вирусах, ни тяжесть заболевания не были связаны с суперраспространением, что подразумевает, что факторы хозяина способствуют фенотипу [ 47 ]. Для 2019-нКоВ, отслеживание контактов на сегодняшний день предполагает ограниченное распространение от человека к человеку и низкий R 0 . Однако недавнее увеличение числа случаев заболевания как в Ухане, так и за его пределами может свидетельствовать о существовании сверхраспространяющихся людей, способствующих вспышке.

В качестве альтернативы, сверхраспространение может происходить из зоонозного источника, который наблюдался при других вспышках заболеваний [ 10 ]. В любом случае, возможность сверхраспространения может продолжать играть роль в этой продолжающейся вспышке 2019-нКоВ.


7. Новые болезни в эпоху социальных сетей

Новости о 2019-nCoV привлекли широкое внимание через Интернет. На протяжении многих лет такие сайты, как FluTrackers.com, ProMED (promedmail.org) и другие, позволяли собирать информацию о болезнях со всего мира и способствовали распространению среди заинтересованных сторон.

В 2012 году MERS-CoV впервые привлек внимание как «новый коронавирус», представленный на ProMED Mail, а затем в ходе беседы в Твиттере между научными журналистами, вирусологами и экспертами в области общественного здравоохранения.

Восемь лет спустя более подключенная сеть быстро разбирала заявления Уханьской муниципальной комиссии по здравоохранению и размышляла о возможных причинах.

В начале вспышки может быть трудно отличить слухи с элементами правды от необоснованного распространения страха. Этот факт может быть усугублен языковыми барьерами и не зарегистрированными источниками.

Однако в этом случае предположения о новом коронавирусе были подкреплены тщательно сформулированными утверждениями, которые специально исключают некоторые семейства вирусов (грипп, аденовирус), но исключают только SARS-CoV и MERS-CoV для коронавирусов.
В сочетании с воспоминаниями о вспышке атипичной пневмонии многие беспокоятся о том, что правда может быть сдержана. Когда агент был окончательно подтвержден как CoV, мир действовал и с беспокойством, и с облегчением: вспышка не будет скрыта.вспышка не будет скрыта.вспышка не будет скрыта.
Хотя реакция правительства на 2019-нКоВ далека от совершенства, она резко контрастирует со вспышкой атипичной пневмонии в начале века. Быстрое высвобождение последовательностей 2019-nCoV позволило научному сообществу быстро принять участие, предоставив анализ и разработав диагностические тесты.

И CDC Китая, и Муниципальная комиссия здравоохранения Ухани регулярно публикуют обновленные данные о подтвержденных номерах и статусах пациентов, что позволяет органам общественного здравоохранения отслеживать ситуацию в режиме реального времени.

Исследователи со всего мира соединились в социальных сетях, чтобы сравнить обновленную информацию о последовательности и выделить ключевые неизвестные о вспышке. Хотя не всегда предоставляется своевременно,

Возможность обмениваться новостями и данными в режиме реального времени с исследователями и представителями здравоохранения во всем мире свидетельствует о значительном изменении ответных мер на вспышки. Эта связь способствовала повышению осведомленности, а также новому сотрудничеству и быстрому реагированию со стороны мирового исследовательского сообщества.

В то время как есть много неизвестных с 2019-нКоВ, мир занят и готов сражаться с новейшим штаммом вируса. Возможно, это означает, что уроки вспышки атипичной пневмонии действительно были извлечены.


Вклад автора
LEG и VDM подготовили эту рукопись. Все авторы прочитали и согласились с опубликованной версией рукописи.


Финансирование
Это исследование не получило внешнего финансирования.


Конфликт интересов
Авторы объявили, что нет никаких конфликтов интересов.



Ссылки


Wuhan Municipal Health Commision. Wuhan Municipal Health and Health Commission’s Briefing on the Current Pneumonia Epidemic Situation in Our City. Available online: http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/2019123108989 (accessed on 19 January 2020).

Kahn, N. New Virus Discovered by Chinese Scientists Investigating Pneumonia Outbreak. Wall Street Journal, 2020. [Google Scholar]

World Health Organization. WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China. Available online: https://www.who.int/china/news/detail/09-01-2020-who-statement-regarding-cluster-of-pneumonia-cases-in-wuhan-china (accessed on 19 January 2020).

Virological.org. Novel 2019 Coronavirus Genome. Available online: http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319 (accessed on 19 January 2020).
GSAID Database. 2020 Coronavirus. Available online: https://www.gisaid.org/CoV2020/ (accessed on 19 January 2020).

World Health Organization. Novel Coronavirus—Japan (ex-China). Available online: https://www.who.int/csr/don/16-january-2020-novel-coronavirus-japan-ex-china/en/ (accessed on 19 January 2020).

World Health Organization. Laboratory Testing for 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) in Suspected Human Cases. Available online: https://www.who.int/health-topics/coronavirus/laboratory-diagnostics-for-novel-coronavirus (accessed on 19 January 2020).

Imai, N.; Dorigattig, I.; Cori, A.; Riley, S.; Ferguson, N.M. Estimating the Potential Total Number of Novel Coronavirus (2019-nCoV) Cases in Wuhan City, China. Available online: https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/news--wuhan-coronavirus/ (accessed on 19 January 2020).

Wuhan Municipal Health Commision. Wuhan Municipal Commission of Health and Health on Pneumonia of New Coronavirus Infection. Available online: http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/2020012009077 (accessed on 20 January 2020).

Stein, R.A. Super-spreaders in infectious diseases. Int. J. Infect. Dis. 2011, 15, e510–e513. [Google Scholar] [CrossRef]

The Straits Times. Wuhan Virus: China Locks down Huanggang, Shuts Down Railway Station in Ezhou after Wuhan Lockdown. Available online: https://www.straitstimes.com/asia/east-asia/china-locks-down-two-more-cities-huanggang-and-ezhou-after-wuhan (accessed on 23 January 2020).

Ji, W.; Wang, W.; Zhao, X.; Zai, J.; Li, X. Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross-species transmission from snake to human. J. Med. Virol. 2020. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Robertson, D.; Jiang, X. nCoV’s Relationship to Bat Coronaviruses and Recombination Signals No Snakes. Available online: http://virological.org/t/ncovs-relationship-to-bat-coronaviruses-recombination-signals-no-snakes/331 (accessed on 23 January 2020).

Kan, B.; Wang, M.; Jing, H.; Xu, H.; Jiang, X.; Yan, M.; Liang, W.; Zheng, H.; Wan, K.; Liu, Q.; et al. Molecular evolution analysis and geographic investigation of severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in palm civets at an animal market and on farms. J. Virol. 2005, 79, 11892–11900. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Lau, S.K.; Woo, P.C.; Li, K.S.; Huang, Y.; Tsoi, H.W.; Wong, B.H.; Wong, S.S.; Leung, S.Y.; Chan, K.H.; Yuen, K.Y. Severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in Chinese horseshoe bats. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 14040–14045. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Menachery, V.D.; Yount, B.L., Jr.; Debbink, K.; Agnihothram, S.; Gralinski, L.E.; Plante, J.A.; Graham, R.L.; Scobey, T.; Ge, X.Y.; Donaldson, E.F.; et al. A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat. Med. 2015, 21, 1508–1513. [Google Scholar] [CrossRef]

Menachery, V.D.; Yount, B.L., Jr.; Sims, A.C.; Debbink, K.; Agnihothram, S.S.; Gralinski, L.E.; Graham, R.L.; Scobey, T.; Plante, J.A.; Royal, S.R.; et al. SARS-like WIV1-CoV poised for human emergence. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2016, 113, 3048–3053. [Google Scholar] [CrossRef]

Wang, N.; Li, S.Y.; Yang, X.L.; Huang, H.M.; Zhang, Y.J.; Guo, H.; Luo, C.M.; Miller, M.; Zhu, G.; Chmura, A.A.; et al. Serological Evidence of Bat SARS-Related Coronavirus Infection in Humans, China. Virol. Sin 2018, 33, 104–107. [Google Scholar] [CrossRef]

Anthony, S.J.; Gilardi, K.; Menachery, V.D.; Goldstein, T.; Ssebide, B.; Mbabazi, R.; Navarrete-Macias, I.; Liang, E.; Wells, H.; Hicks, A.; et al. Further Evidence for Bats as the Evolutionary Source of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus. mBio 2017, 8. [Google Scholar] [CrossRef]

Quan, P.L.; Firth, C.; Street, C.; Henriquez, J.A.; Petrosov, A.; Tashmukhamedova, A.; Hutchison, S.K.; Egholm, M.; Osinubi, M.O.; Niezgoda, M.; et al. Identification of a severe acute respiratory syndrome coronavirus-like virus in a leaf-nosed bat in Nigeria. mBio 2010, 1. [Google Scholar] [CrossRef]

Azhar, E.I.; El-Kafrawy, S.A.; Farraj, S.A.; Hassan, A.M.; Al-Saeed, M.S.; Hashem, A.M.; Madani, T.A. Evidence for camel-to-human transmission of MERS coronavirus. N. Engl. J. Med. 2014, 370, 2499–2505. [Google Scholar] [CrossRef]

Fehr, A.R.; Channappanavar, R.; Perlman, S. Middle East Respiratory Syndrome: Emergence of a Pathogenic Human Coronavirus. Annu. Rev. Med. 2017, 68, 387–399. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Hung, I.F.N.; Cheng, V.C.C.; Wu, A.K.L.; Tang, B.S.F.; Chan, K.H.; Chu, C.M.; Wong, M.M.L.; Hui, W.T.; Poon, L.L.M.; Tse, D.M.W.; et al. Viral Loads in Clinical Specimens and SARS Manifestations. Emerg. Infect. Dis. 2004, 10, 1550–1557. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Assiri, A.; Al-Tawfiq, J.A.; Al-Rabeeah, A.A.; Al-Rabiah, F.A.; Al-Hajjar, S.; Al-Barrak, A.; Flemban, H.; Al-Nassir, W.N.; Balkhy, H.H.; Al-Hakeem, R.F.; et al. Epidemiological, demographic, and clinical characteristics of 47 cases of Middle East respiratory syndrome coronavirus disease from Saudi Arabia: A descriptive study. Lancet Infect. Dis. 2013, 13, 752–761. [Google Scholar] [CrossRef]

Rahman, A.; Sarkar, A. Risk Factors for Fatal Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infections in Saudi Arabia: Analysis of the WHO Line List, 2013–2018. Am. J. Public Health 2019, 109, 1288–1293. [Google Scholar] [CrossRef]

CIDRAP. SARS Severe Acute Respiratory Syndrome. Available online: http://www.cidrap.umn.edu/infectious-disease-topics/sars (accessed on 20 January 2020).
CIDRAP. MERS-CoV. Available online: http://www.cidrap.umn.edu/infectious-disease-topics/mers-cov (accessed on 20 January 2020).

Rambaut, A. Preliminary Phylogenetic Analysis of 11 nCoV2019 Genomes, 2020-01-19. Available online: http://virological.org/t/preliminary-phylogenetic-analysis-of-11-ncov2019-genomes-2020-01-19/329 (accessed on 20 January 2020).

Bedford, T.; Neher, R. Genomic Epidemiology of Novel Coronavirus (nCoV) Using Data Generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences and the Thai National Institute of Health Shared via GISAID. Available online: https://nextstrain.org/ncov (accessed on 20 January 2020).

Shi, Z.-L.; Zhou, P.; Yang, X.-L.; Wang, X.-G.; Hu, B.; Zhang, L.; Zhang, W.; Si, H.-R.; Zhu, Y.; Li, B.; et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv 2020. [Google Scholar] [CrossRef]

Menachery, V.D.; Graham, R.L.; Baric, R.S. Jumping species-a mechanism for coronavirus persistence and survival. Curr. Opin. Virol. 2017, 23, 1–7. [Google Scholar] [CrossRef]

Becker, M.M.; Graham, R.L.; Donaldson, E.F.; Rockx, B.; Sims, A.C.; Sheahan, T.; Pickles, R.J.; Corti, D.; Johnston, R.E.; Baric, R.S.; et al. Synthetic recombinant bat SARS-like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 19944–19949. [Google Scholar] [CrossRef]

Li, W.; Sui, J.; Huang, I.C.; Kuhn, J.H.; Radoshitzky, S.R.; Marasco, W.A.; Choe, H.; Farzan, M. The S proteins of human coronavirus NL63 and severe acute respiratory syndrome coronavirus bind overlapping regions of ACE2. Virology 2007, 367, 367–374. [Google Scholar] [CrossRef]

Zeng, L.P.; Gao, Y.T.; Ge, X.Y.; Zhang, Q.; Peng, C.; Yang, X.L.; Tan, B.; Chen, J.; Chmura, A.A.; Daszak, P.; et al. Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response. J. Virol. 2016, 90, 6573–6582. [Google Scholar] [CrossRef]

Xu, X.; Chen, P.; Wang, J.; Feng, J.; Zhou, H.; Li, X.; Zhong, W.; Hao, P. Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. Sci. China Life Sci. 2020. [Google Scholar] [CrossRef]

Letko, M.C.; Munster, V. Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV. bioRxiv 2020. [Google Scholar] [CrossRef]

Rivers, T.M. Viruses and Koch’s Postulates. J. Bacteriol. 1937, 33, 1–12. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Roberts, A.; Deming, D.; Paddock, C.D.; Cheng, A.; Yount, B.; Vogel, L.; Herman, B.D.; Sheahan, T.; Heise, M.; Genrich, G.L.; et al. A mouse-adapted SARS-coronavirus causes disease and mortality in BALB/c mice. PLoS Pathog. 2007, 3, e5. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

McAuliffe, J.; Vogel, L.; Roberts, A.; Fahle, G.; Fischer, S.; Shieh, W.J.; Butler, E.; Zaki, S.; St Claire, M.; Murphy, B.; et al. Replication of SARS coronavirus administered into the respiratory tract of African Green, rhesus and cynomolgus monkeys. Virology 2004, 330, 8–15. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]

Kuiken, T.; Fouchier, R.A.; Schutten, M.; Rimmelzwaan, G.F.; van Amerongen, G.; van Riel, D.; Laman, J.D.; de Jong, T.; van Doornum, G.; Lim, W.; et al. Newly discovered coronavirus as the primary cause of severe acute respiratory syndrome. Lancet (Lond. Engl.) 2003, 362, 263–270. [Google Scholar] [CrossRef]

Van Doremalen, N.; Miazgowicz, K.L.; Milne-Price, S.; Bushmaker, T.; Robertson, S.; Scott, D.; Kinne, J.; McLellan, J.S.; Zhu, J.; Munster, V.J. Host species restriction of Middle East respiratory syndrome coronavirus through its receptor, dipeptidyl peptidase 4. J. Virol. 2014, 88, 9220–9232. [Google Scholar] [CrossRef]

Cockrell, A.S.; Peck, K.M.; Yount, B.L.; Agnihothram, S.S.; Scobey, T.; Curnes, N.R.; Baric, R.S.; Heise, M.T. Mouse dipeptidyl peptidase 4 is not a functional receptor for Middle East respiratory syndrome coronavirus infection. J. Virol. 2014, 88, 5195–5199. [Google Scholar] [CrossRef]

De Wit, E.; Rasmussen, A.L.; Falzarano, D.; Bushmaker, T.; Feldmann, F.; Brining, D.L.; Fischer, E.R.; Martellaro, C.; Okumura, A.; Chang, J.; et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) causes transient lower respiratory tract infection in rhesus macaques. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 16598–16603. [Google Scholar] [CrossRef]

Wen, X. 15 Medical Staff in Wuhan Confirmed New Coronavirus Pneumonia, and Another Suspected. Available online: http://china.qianlong.com/2020/0121/3600877.shtml (accessed on 21 January 2020).

Al-Tawfiq, J.A.; Gautret, P. Asymptomatic Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) infection: Extent and implications for infection control: A systematic review. Travel Med. Infect. Dis. 2019, 27, 27–32. [Google Scholar] [CrossRef]

Wong, G.; Liu, W.; Liu, Y.; Zhou, B.; Bi, Y.; Gao, G.F. MERS, SARS, and Ebola: The Role of Super-Spreaders in Infectious Disease. Cell Host Microbe 2015, 18, 398–401. [Google Scholar] [CrossRef]

Park, D.; Huh, H.J.; Kim, Y.J.; Son, D.S.; Jeon, H.J.; Im, E.H.; Kim, J.W.; Lee, N.Y.; Kang, E.S.; Kang, C.I.; et al. Analysis of intrapatient heterogeneity uncovers the microevolution of Middle East respiratory syndrome coronavirus. Cold Spring Harb. Mol. Case Stud. 2016, 2, a001214. [Google Scholar] [CrossRef] [PubMed]


ИСТОЧНИК: https://www.mdpi.com/1999-4915/12/2/135/htm
[АВТОМАТИЧЕСКИЙ ПЕРЕВОД GOOGLE]
Tags: Коронавирус происхождение
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments